トイウォーズは、日向高校のフィギュア部が舞台となっています。そう、シューティングゲームですが、学園が舞台なのです。フィギュア部の部長である「彩川鳴実」と、その鳴実の幼馴染であり、常に鳴実に振り回されている「葉霧祐介」、頭脳明晰でおとなしい「春日永遠」、財閥のお嬢様であり天然の「神野琴音」…などの個性的なフィギュア部の部員たちと共に、ストーリーは展開していきます。もちろん、フィギュア部ですから、部員はそれぞれフィギュアを所持しています。そのフィギュア達が、部員達がいなくなった放課後、フィギュア部の部室で、恋のライバルをやっつけようとバトルが繰り広げられているのです。ですから、翌朝、部員が部室に入れば、いつの間にか部室が荒らされている状態だったり、フィギュアが壊れていたり…と、惨事を目の当たりにするのです。
部員達は、ただフィギュアの持ち主…というだけでなく、フィギュア同士のシューティングバトルとは別にストーリーが展開していきます。やはり学園モノですから、プレイヤーも学園の生徒になっていろいろ楽しみたいですよね。RPGのように、壮大で深いストーリー設定があるわけではありません。トイウォーズを「ドタバタ学園コメディ」と称しているように、シューティングバトルでありながら、かなりコメディの要素も重視されているのが、トイウォーズの特徴です。
登場する部員達は、フィギュアが放課後にシューティングバトルを繰り広げていることを知りません。ですから、翌朝の散らかった部室をはじめとする、部室やフィギュアに起こる謎の現象を不思議に思いつつ、また呆れているのですが、それでも毎日を楽しく穏やかに過ごしています。ただ、実は、フィギュアが勝手にバトルを繰り広げるのも、実は理由があるんですよね…。しかしそれは一種のネタバレになると思いますので、控えます（笑）
部員としての学園ストーリー、そしてフィギュア同士のシューティングバトル…と、トイウォーズは、2つの世界を楽しむことができるのです。
